土木工程處
土木工程處是土木工程拓展署七個分處之一，由土木工程處處長領導，其下設有海港及土地科，工程及環境管理科和房屋科，各由一名副處長領導。
海港及土地科由海港工程部，土地工程部及改善碼頭工程組組成，主要負責港口、海岸工程 及為土地拓展進行土地平整、因應房屋、靈灰安置所、火葬場發展項目和相關發展所需的工地平整及基礎設施及填海工程的規劃、可行性研究、設計及施工。工程及環境管理科由填料管理部，專責事務( 工程) 部及工程項目組組成，負責管理多種土木工程項目及專責策劃、設計及興建因應房屋和相關發展所需的工地平整及基礎設施、旅遊及康樂發展的輔助工程、海事工程、與公眾填土、海上砂源及制訂整體公眾填土策略和計劃 有關的土木工程，策劃及運作躉船轉運站和填料庫。房屋科由房屋工程1組，房屋工程2部及房屋工程3部組成，負責推展公營房屋及相關發展項目的工程可行性研究、勘探、詳細設計、工地平整及基礎建設工程。
海港及土地科
土地工程部主要負責規劃、設計及監督土地平整工程及相關基礎建設，如，道路及排水系統妀善工程。該部亦負責制訂和執行綠化總綱圖計劃。
改善碼頭工程組主要負責規劃、設計及監督公眾碼頭的改善工程。
重建橋咀碼頭
重建南丫島北角碼頭(規劃中) - 構思圖
工程及環境管理科
填料管理部主要負責制訂及管理本港整體公眾填料策略，和海泥卸置及海洋填料資源策略，包括管理公眾填料接收設施、建築廢物篩選分類設施及卸置海泥設施。該部由七個分組組成，每組由一名高級工程師領導。該部共有約120名工作人員，其中約20人為專業土木工程師。
填料管理部的主要工作範疇如下：
- 制訂整體公眾填料策略和計劃，以及策劃長期及短期的策略性公眾填料接收設施及建築廢物篩選分類設施。
- 管理公眾填料接收設施及建築廢物篩選分類設施，以及簽發卸泥牌照和相關事宜。
- 確認及管理各公共工程、半官方機構及私人發展項目對海上砂源的供應及需求。
- 供應及管理海泥的卸置容量。
- 搬運沙粒許可證
- 建築廢物處置收費計劃
專責事務(工程)部負責多種土木工程項目的整體行政、規劃、設計、建造和工地監督， 包括公營房屋發展項目的工地平整和基礎設施、旅遊及康樂發展的輔助工程、以及改善避風塘設施的海事工程等。
本組負責規劃及執行因應房屋和相關發展所需的工地平整及基礎設施工程，包括道路、排水及排污、水務和環境美化等工程。
房屋科
本組負責規劃及執行因應房屋和相關發展所需的工地平整及基礎設施工程，包括道路、排水及排污、水務和環境美化等工程。