行政部負責管理本署的人事、編製、招聘及其他一般行政事務，亦協助管理調派到各決策局和部門的多個專業和技術職系人員。

會計及物料供應部處理本署所有財務、會計、物料貯存及供應事務。

公共關係組就傳媒有關事宜提供意見,並協調部門的宣傳活動。

職系管理組負責工程師及土力工程師職系管理的行政事務。

訓練組負責管理本署的培訓發展事務。

工程及有關顧問公司遴選委員會組是「工程及有關顧問公司遴選委員會」的秘書處。該委員會負責審批政府工程及有關項目顧問公司的遴選及委聘。

策劃組負責監察及管理本署進行的工程計劃的各項程序及財務安排。

城巿規劃組就規劃、環境、房屋、運輸及其他事宜提供專業意見，其中包括協調各區域拓展處的意見。

測量部提供以下服務：

• 工程和海上測量的顧問服務

  測量部為各類工程和海上測量提供專業意見和技術支援。工作包括各項工程的測量規劃和設計；擬定測量規格和施工說明書；評審測量方法和結果；以及管理測量合約。

• 工地測量

  為下列項目進行地形測量：工程可行性研究、工程設計、巖土工程研究、斜坡安全和土木工程各階段進度記錄等項目。亦為具特殊考古和科學價值的地方及有特別規定的工程進行測量。

• 合約測量

  為工程合約進行測量，包括提供測量控制站、審核承建商的測量工作、計算施工階段土方數據及為工程進度作記錄測量。

• 水文和海洋地球物理測量

  這類測量的目的是：為支援疏浚和填海工程；決定填土/挖泥數量；勾劃海床的地形和海底地層的剖面；確定水底物件的位置；確保航道暢通；檢查防波堤和海堤等海岸設施有否損毀和其效能。

• 監測測量

  監測測量的目的是監測土地和結構物的移動情況及地下水位的變動情況。進行監測時會使用測斜儀、傾角量測儀、水壓計和精準測距儀。

• 攝影測量

  測量部與地政總署測繪處攝影及航空測量組合作，進行航空測量(垂直和傾斜)和地面測量。如有需要，測量部會與測繪處聯絡，以取得所需的照片作下列用途：規劃工程；計算土方數據；監察工地工程進度；監察防波堤、堆石結構和危險工地等。 測量部亦為下列工作提供攝影測量服務：為難以到達或危險的地方繪製地形圖；監察堆石結構；計算石礦場施工階段的土方數據等。

• 緊急測量

  測量部在緊急情況下(例如海堤或防波堤倒塌)，提供緊急測量服務，亦為嚴重山泥傾瀉或墜石事故進行詳細山泥傾瀉調查，工作包括收集地形資料、記錄山泥傾瀉的範圍、計算土方數據和監測土地的穩固度。

• 地面激光掃瞄測量

  測量部使用激光掃瞄技術，以便取得山泥傾瀉的實地情況(在進行緊急測量時會使用這種技術)、進行監測測量、量度岩石節理的傾角和方向、進行影像分析和文物記錄等。

• 電腦動畫

  測量部為土木工程製作電腦動畫，以便更有效顯示工程外觀、方便評估視覺效果和諮詢公眾。這類製作包括漫遊動畫，行人視像動畫，幻燈片輪播和影像合成圖等。

• 地理信息系統的顧問服務

  測量部就地理信息系統如何應用於地理資料的分析、管理和模型製作，提供專業意見和技術支援。

園境部就園境事宜提供意見，亦對承建商於本署各工地的樹木風險評估工作進行內部審核。

資訊科技及創新組負責推廣及支援資訊科技的應用, 以提升本署的運作效能與效率。該組亦負責推廣創新科技於本署工程項目的應用，以及推廣本署與大學、政府和業界之間就應用研究及發展方面的協作。

合約顧問組就招標程序及合約的事宜提供意見，並對本署管理的合約進行技術審核。

安全及環境顧問組負責就建造安全及環境事宜提供意見，並監察由部門管理的承辦商有關建造安全和環境事宜的表現。